智人可以分早期智人和晚期智人，尼安德特人是早期智人。
1、体质不同。尼安德特人拥有比智人更大的脑袋。
2、身体特征不同。尼安德塔人身高1.5到1.6米左右，颅骨容量为1200到1750ml。
3、思维方式不同。思考的问题不一样，思考问题的方式也有所不同。
现代人走出非洲不断扩张时，与古老人群相遇，其中最为人所知的故事与尼安德特人相关，二者在争夺资源的过程中，现代人的祖先可能只用了大概1万年的时间，就完全取代了尼安德特人，后者逐渐丧失栖息地，最后退到了当今的西班牙半岛南部，直到消失。那么问题随之而来，取代是如何发生的呢？
差异与取代
取代可以是激烈的，伴随着杀戮和战斗；也可以是平和的，依靠基因和适应。人类学家曾经模拟出了一个替代模型，以计算两个群体中占有优势的一方怎样才能取代弱势的一方，结果发现只需要2%的优势就能在1000年内完成替代，2%是量化的表达，具体来说人类学家提出了几个重要的因素。
首先，体质差异。尼安德特人拥有比智人更大的脑袋，他们不仅脑容量超过了现代人，身材和爆发力也占据优势，但优势在特定环境下，往往正是劣势所在。大脑是个高消耗体，智人成年个体大脑消耗的能量占据了人体总消耗量的20%左右，脑容量超过智人的尼安德特人消耗量会更大，再加上他们健壮的身体，需要摄入的能量便更多。因此，一旦资源匮乏，或者有其他竞争者与之争夺资源，狩猎或者对抗中所消耗的能量过多，又无法得到及时地补充，那么尼安德特人身体优势直接就成了劣势。
第二，工具的差异。先从原料上说，旧石器时代的智人制造石质工具的同时，会对石料进行进一步筛选，复杂的加工也随之出现；但尼安德特人更多还是使用象牙、骨头等为原料制造工具。再说种类，考古资料显示出，智人的工具中除了石斧、石球等常见的工具外，还有投掷器、尖状器等等，这些工具无疑在狩猎中会让智人以更小的损失获得更多的猎物。旧石器时代的工具和武器没有明显区分，因此从智人和尼安德特人骨骼的保存情况，也能推测当时二者的工具、武器的差异，尼安德特人遗骸的完整度不如智人，很可能就与其所使用的工具、武器有关。
第三，饮食习惯的差异。我们知道，食物单一的动物，面临的生存问题就更严峻，比如考拉，由于基本上只以桉树叶为食，桉树在森林大火中受到重创后，它们的口粮直接成了难题。相比之下，杂食动物生存的路就更宽阔。另一方面，工具的进步让智人能够获取更丰富的食物资源，除了合作捕猎大型动物，小型哺乳动物和鱼类也成了智人食谱上的常客。
第四，思维方式的差异。思考的问题不一样，思考问题的方式也有所不同。尼安德特人相较于其祖先，发育出了更大的大脑，帮助他们在危险的狩猎和激烈的搏斗中取得胜利，他们利用智力布置陷阱、进行合作、开展伏击、随机应变。但是，智人在演化的过程中也具备了这些能力，而且更加善于整合资源，在一些考古遗址中，人们发现智人与其他人群交换资源的证据，比如一些工具、武器所用的原材料，来源于较远的地区，很有可能是通过贸易获取的，这种与其他群体的交流，有利于在危险时结成临时的同盟进行对抗。
第五，语言的差异。语言让智人从灵长类大家庭、人类小家庭中脱颖而出，虽然语言不像体质和工具那样有相对完善的考古证据，但从逻辑上，谁都无法否认它的作用。越丰富的词汇、越严密的语法、越准确的时态在交流时都有无可比拟的优势。举个例子，长辈们可以用语言详尽而准确地将动植物的外形、特征、功能、效用，工具的原料选择、制作、使用、维护，狩猎的安排、布置、技巧、合作，族群的历史、知识、文化、记忆等等传达给下一代，并代代相传，这直接关系到一个群体能否维系繁衍并发展出文明。
生殖隔离与基因渗入
如果说生殖隔离的基础是两个种群之间的差异，那么尼安德特人和智人之间的体质、工具、饮食和思维方式的差别，并不足以构成生殖隔离。
事实上，关于智人和尼安德特人是否曾经共同繁衍后代，科学家们争论了数十年之久。一些人认为，智人和尼安德特人存在众多身体结构上的根本性差异，因此二者不会产生可育的后代。但是，随着2016年公布的尼安德特人DNA分析结果，一方面现代人基因中确实携带着尼安德特人的基因，另一方面智人的祖先和尼安德特人的祖先在大约50万年前才分离，而至今还没有任何灵长类动物能在50万年的时间内建立起生殖隔离，比如黑猩猩和倭黑猩猩，后者在大约80万年前从它们的共同祖先中分离出来，但二者依旧能够进行繁殖并产生可生育的后代。
另外一个例子是家牛的驯化，黄牛和瘤牛在大约数十万年前从共同祖先中分离出来，走上各自不同的演化道路，但是它们可以进行繁衍并产出可生育的后代，近4000年的时间里，瘤牛的基因一直在非洲和西亚的黄牛群体中传播，该基因具有耐旱和耐热的特点，并对牛瘟具有一定的抵抗力，因此使得黄牛群体也具备了这一特性，并迅速扩散。
其实无论是尼安德特人与智人、黑猩猩与倭黑猩猩，还是黄牛与瘤牛，以及大麦、玉米、土豆、水稻等等农作物，都离不开基因渗入，基因渗入可以说是演化的力量，将新的基因变体以及等位基因引入某个群体，它们在演化过程中有的消失，有的变得更加普遍，进而变成生物学上的优势，进行很好地适应，成为新的故事。
当然，智人取代尼安德特人的方式众说纷纭，比如有人认为尼安德特人群体遇到了严重的“人口瓶颈”，每年可生育的女性人数低于25%，直接导致他们在短时间内灭绝；又比如“寄生虫”理论认为，现代人类走出非洲的时候携带了一些疾病和寄生虫，它们对智人无害，但是对尼安德特人是致命的。虽然这些说法都是假设和猜想，但可以肯定的是尼安德特人并非因为落后而被取代，智人所依靠的是更强的适应性和一点运气。
就人类演化的历程来说，如今的我们是孤独的，仅仅是根据剑桥大学人类学家罗伯特·弗利（Robert Foley）的估算，从700万年前双足行走的猿类来到地面生活至今，少说也有16个人类种群曾经在世界上生息繁衍，这些“兄弟姐妹”在漫长的过程中登场、退场，只剩下人属智人种的我们生生不息，遍布了这个星球上的角角落落。
