商鞅之死根本原因在于，“彻底打击了秦国宗室贵族的利益，秦惠文王杀商鞅一箭双雕。”司马迁也提到，“商君相秦十年，宗室贵戚多怨望者。
秦惠文王为何刚上任就处死商鞅？
秦国在商鞅变法以后才真正地开始强大，可以说如果没有商鞅变法，使秦国有一个比较严格的法制系统，那么即使秦惠文王麾下有大批的能臣也不会有如此辉煌的秦惠文王时代。但是商鞅的只求法不求理的法律对于统治者和被统治者来说都是把随时会伤害对方的利刃，商鞅之死就是最好的诠释。
从商鞅自身来说，最初在秦孝公时即商鞅变法的前期，秦孝公也是很犹豫的老百姓是否会适应变法，但是商鞅却说：“聪明人做事之前就能看到结果，愚蠢之人即使将事情做好了也未必会知道是怎么回事，而老百姓大多是愚昧的，只要让他们跟着做就可以了。”
大臣甘龙则认为聪明人是在按照传统的方式并汲取前面成功的经验来治理国家，商鞅反驳甘龙认为的聪明人都是做事不经过大脑的人，而他认为的聪明人是制定规矩的，是有新思想的人，并且还认为愚蠢人才是遵守规矩的。
开始变法之后，太子犯法，商鞅不但处罚了太子，就连太子的老师也一并受罚，可以说此举非常的大胆，商鞅在立威的同时也在挑战皇权。随着变法的深入，秦国人对商鞅是非常的害怕，而不是尊重他，因为商鞅是靠强制的手段让百姓们服从，没有切实体会过百姓的感受和自己的退路。
从秦惠文王的角度来说，秦惠文王嬴驷一登上王位就迫不及待的处死了商鞅，一方面在商鞅变法的开始就侵犯了贵族的利益，只是由于秦孝公在位没有发作而已，秦孝公一死，贵族纷纷把矛头指向商鞅，商鞅已经成为了王权与贵族利益冲突点，贵族们对王权不敢表示出不满，但是可以把这种不满发泄到商鞅身上，所以秦惠文王刚即位商鞅就被诬告谋反。嬴驷为了安抚贵族，为了处理好王权和贵族的关系，只有商鞅的死才能平息，新君秦惠王为了稳定时局必杀商鞅。另外当时作为尊贵的王室成员的赢驷一不小心触犯了法规，被商鞅新法处置，还连累两位师傅，所以说嬴驷的私心还是有的，但也并不是彻底的无情无义，在处决商鞅以后其变法依旧在执行。
再者在变法完全完成之后秦惠文王和商鞅都拥有巨大的权力，是最强的法治维护者也是最大的法治危害者，而封建君主制度下的法的象征只能是一个人，商鞅可以为秦国所用也能为其他国所用，但是为别国所用对秦国来说是和极大的威胁，所以对于商鞅，秦惠文王是有责留不用则杀。
封建社会制度下臣子的威望盖如果越过君主的话，是非常可怕的，商鞅当时就是如此，朝廷官员大部分都是商鞅提拔上来的拥护变法的官吏，就连军队中也要大量的支持商鞅的将领，所以对刚刚上位、根基未稳的秦惠文王来说不管商鞅是多么的大公无私、忠君爱国都是非常可怕的。同时商鞅变法已全面实施，改革也走上了正轨，商鞅之死是无法避免的。
