1.非条件反射是通过遗传获得的，生来就有的，而条件反射是后天形成的。
2.非条件反射是具体事物（食物、针扎等）刺激引起的，而条件反射是由信号刺激引起的。
非条件反射和条件反射的区别
非条件反射是通过遗传获得的，生来就有的，而条件反射是后天形成的。
非条件反射是具体事物（食物、针扎等）刺激引起的，而条件反射是由信号刺激引起的。信号刺激分成具体信号和抽象信号，具体信号如：声音、外形、颜色、气味等，抽象信号指语言、文字。
非条件反射由较低级的神经中枢（如脑干、脊髓）参与即可完成，而条件反射必须由高级神经中枢大脑皮层的参与才能完成。
非条件反射是终生的，固定的，不会消退，而条件反射是暂时的，可以消退。
非条件反射的种类
非条件反射：缩手反射、膝跳反射、眨眼反射、排尿反射等反射活动由大脑皮层以下的各个中枢即可完成。
动物先天的反射，称为非条件反射。它是相对于条件反射而言的。在对条件反射的研究中，作为应该与条件刺激相结合的非条件反射常常应用食物性反射（唾液或胃液的分泌）。非条件反射是指人生来就有的先天性反射。是一种比较低级的神经活动，由大脑皮层以下的神经中枢（如脑干、脊髓）参与即可完成。
膝跳反射、眨眼反射、缩手反射、婴儿的吮吸、排尿反射等都非条件反射。梅子是一种很酸的果实，一吃起来就让人口水直流。这种反射活动是人与生俱来、不学而能的，因此属于非条件反射。但"望梅止渴"“画饼充饥”是条件反射。（"望梅止渴"“画饼充饥”是根据后天经验而形成的反射）
条件反射的形成过程
条件反射建立之后，如果反复应用条件刺激而不给予非条件刺激强化，条件反射就会逐渐减弱，最后完全不出现。这称为条件反射的消退。例如，铃声与食物多次结合应用，使狗建立了条件反射；然后，反复单独应用铃声而不给予食物（不强化），则铃声引起的唾液分泌量会逐渐减少，最后完全不能引起分泌。条件反射的消退是由于在不强化的条件下，原来引起唾液分泌的条件刺激，转化成了引起大脑皮层发生抑制的刺激。条件反射的消退并不是条件反射的丧失，而是从原先引起兴奋（有唾液分泌）的条件反射转化成为引起抑制（无唾液分泌）的条件反射；前者称为阳性条件反射，后者称为阴性条件反射。
在机体生活过程中，条件反射可以不断建立，而由于环境的改变一些条件反射发生了消退，又有一些新的条件反射建立，这样使动物对环境的变化能更好地适应。