1、药师佛不是药王菩萨，他们是两尊菩萨。
2、药师佛是掌管东方琉璃国的教主，它曾发十二大愿，其中的第七愿是希望他成佛时，所有重病逼切、无救无归、无衣无药、无亲无家、贫穷多苦受病痛折磨的人遇到他全都能病除，生活富足，健康快乐，以致可以成佛，所以他被称为药师。
3、而药王菩萨是为了使用良药救治众生身、心两种疾苦的菩萨，是阿弥陀佛二十五菩萨之一，药王菩萨原来是星宿光长者，用雪山的良药供奉当时的大乘佛教，希望为众生除病痛，由于他的诚心，最终成佛，其弟电光明与他一起成佛，他俩称药王、药上菩萨。
药师佛与药王菩萨是同一个人吗？
药师佛，又作药师如来、药师琉璃光如来、大医王佛、医王善逝、十二愿王。为东方净琉璃世界之教主。此佛于过去世行菩萨道时，曾发十二大愿，愿为众生解除疾苦，使具足诸根，导入解脱，故依此愿而成佛，住净琉璃世界，其国土庄严如极乐国。
药王菩萨，与药上菩萨，有时取代文殊、普贤菩萨，被作为佛陀的左右胁侍。药王、药上本为兄弟，兄名星宿光，弟名电光明。因供养比丘僧众，并施药救人，得众人赞赏，被尊称为药王和药上。后兄弟施医行善，双双修成菩萨。佛陀曾对弥勒预言，这两兄弟将在未来世成佛，号净眼如来和净藏如来。
通过上述介绍，我们大致认识了药师佛与药王菩萨，下面就来简单说说他们的区别。
一、佛号不同
药师，梵名Bhais！ajyaguru；药王，梵名Bhais！ajya-ra^ja；虽然不懂梵文，但我们至少看的出二者是不一样的。
二、生日不同
不是同一代佛菩萨，药师佛的圣诞是农历九月三十；药王菩萨的圣诞是农历四月廿八。且他们所处的年代也不相同：据经典记载，至少隔了八大劫。药师佛住世时还是正法时期；而药王菩萨就已经是像法时期了。
三、所处世界不同
境界也不一样，药师佛位于东方净琉璃世界，是东方世界的教主，已经成佛；药王菩萨位于西方净土世界，为阿弥陀佛二十五菩萨之一，世尊说其将于未来世成佛，号净眼如来。
四、职能不同
药师佛与药王菩萨都能治疗人的生理疾病与心理疾病（如：贪嗔痴）。但药师佛还能：消灾延寿；助孕妇生产，所得的孩子或财宝多饶，或形相端严，或聪明智慧，或勇健威猛；还能令一切好的愿望悉皆圆满。其广大愿力，不可一一具说。
《药师经》选句：愿我来世得菩提时。身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽。光明广大，功德巍巍。破无明壳，竭烦恼河，解脱一切生老病死、忧愁苦恼。一切如来，身语意业，无不清净。